Manganez kanalizasyon ve yeraltı suyunun arıtılmasında kullanılabilir.
Yeraltı suyundaki demir konsantrasyonu çok yüksek olduğunda, üretimimiz ve yaşamımız üzerinde bazı etkileri olacaktır; örneğin su bulanıklaşacak ve buna demir kokusu eşlik edecek, kolayca kireç oluşacak ve yıkanmış giysilerde pas lekeleri oluşacak, vb. Ayrıca manganez atık sudaki arseniği arıtmak için de kullanılabilir.
Manganez genellikle toz veya granül halinde kullanılır. Suya eklenebilir veya filtreden geçirilerek uygulanabilir. Kullanılan manganez miktarı sudaki demir ve manganez konsantrasyonuna ve arıtılacak suyun hacmine bağlıdır. Genellikle galon başına 1-2 mg manganez oksidan eklenir. Manganezin maliyeti nispeten düşüktür. Aynı zamanda insan vücuduna zarar vermeyecek, nispeten güvenli bir su arıtma maddesidir. Kullanımı ekonomik ve çevre dostudur.
Birçok su arıtma üreticisi ve Mühendislik Grubu, su arıtma proseslerine aşağıdaki manganez bileşiklerini ekler.